La microbiota es el conjunto de microorganismos asociados con un determinado ecosistema (por ejemplo, nuestro intestino). En particular, nuestra microbiota intestinal está constituida por más de 10^12 microorganismos. Su composición es única para cada individuo y está influenciada por la edad, los factores genéticos, la dieta y el estilo de vida.

Si bien existe un equilibrio natural en las frecuencias de todos los miembros de nuestra microbiota intestinal, algunas condiciones como el estrés, la ingesta de antibióticos, etc. pueden inducir desequilibrios en estas comunidades. De hecho, los patrones particulares de los microorganismos intestinales se han relacionado con alteraciones del sistema inmunitario, obesidad, inflamación y muchos otros aspectos.

La secuenciación masiva del material genético de la microbiota (lo que llamamos microbioma) nos permite conocer la identidad, la diversidad y la abundancia de las especies que habitan nuestro intestino y detectar posibles desviaciones con respecto al estado normal (saludable).