La tesis se titula ‘Optimizing nanopore-based microbiome sequencing for characterizing biotechnologically-relevant ecosystem’ y ha sido dirigida por Cristina Vilanova y Manuel Porcar
Los microbiomas, entendidos como microecosistemas que cambian con el tiempo y el espacio, se refieren a las comunidades microbianas y sus interacciones ecológicas. Las tecnologías de secuenciación modernas permiten el análisis global de los genomas presentes en los microbiomas, incluyendo el análisis metataxonómico, la metagenómica o la metatranscriptómica. Una de las tecnologías más recientes es la secuenciación basada en nanoporos que presenta ventajas tanto desde el punto de vista científico como empresarial. El objetivo principal de la tesis de Adriel Latorre, director del departamento de genética de DARWIN, es la validación de métodos experimentales y herramientas computacionales para el uso de la metagenómica y metatranscriptómica basadas en nanoporos para abordar problemas industriales o biotecnológicos.
Doctorado Industrial
Esta tesis lleva el título ‘Optimizing Nanopore-based microbiome sequencing for characterizing biotechnologically-relevant ecosystems‘ y ha sido realizada en Darwin Bioprospecting Excellence en el marco del Programa de Doctorado Industrial (Ministerio de Ciencia e Innovación, FEDER).
La primera prueba de concepto fue el uso de estos métodos de secuenciación de tercera generación centrados en el análisis de las comunidades bacterianas y arqueanas implicadas en la producción de biogás. Por otra parte, se probó el potencial de la secuenciación metataxonómica in situ en una expedición de bioprospección destinada a estudiar las comunidades microbianas de unas biocapas del desierto de Tabernas. Por último, se evaluó el rendimiento de diversos métodos para el ensamblaje de metagenómica basada en nanoporos para definir las ventajas y limitaciones de esta tecnología en comparación con el estado del arte del ensamblaje metagenómico. Es la primera vez que se realiza una comparación global de todas las herramientas disponibles, allanando el camino hacia la estandarización de los procedimientos bioinformáticos aplicados a la secuenciación metagenómica basada en nanoporos.
Cristina Vilanova, Adriel Latorre y Manuel Porcar
Una tesis sobresaliente
Adriel Latorre comenzó su tesis en 2016 en Darwin Bioprospecting Excellence SL y la ha realizado en colaboración con el grupo de investigación de Biotecnología y Biología Sintética de I2SysBio bajo la supervisión de Cristina Vilanova (Directora Científica de Darwin Bioprospecting Excellence) y Manuel Porcar (Investigador de la UV en el I2SysBio y Director General de Darwin Bioprospecting Excellence). El tribunal calificador lo han formado Alex Mira (Laboratorio de Microbioma Oral, FISABIO), Olga Francino (Departamento de Ciencia Animal y de los Alimentos, UAB) y Juli Peretó (Departamento de Bioquímica y Biología Molecular, UV e I2SysBio), quienes han calificado la tesis como sobresaliente.